Nowotwory: techniki analizy genomu na WUM

28 października 2014 roku na Warszawskim Uniwersytecie Medycznym odbędą się bezpłatne warsztaty poświęcone wykorzystaniu technik analizy całego genomu w badaniach nowotworów. Metody te znajdują coraz liczniejsze zastosowania kliniczne, dostarczając informacji potrzebnych w diagnostyce, planowaniu i monitorowaniu terapii oraz ocenie rokowania. Podczas warsztatów zostaną zaprezentowane najnowsze aplikacje metod genomicznych w onkologii. 

Wykład wygłosi między innymi dr hab. Ellen Heitzer z Instytutu Genetyki Człowieka na Uniwersytecie Medycznym w Graz (Austria), która specjalizuje się w genetyce i epigenetyce nowotworów. Jest światowej klasy ekspertem w zakresie wykorzystania wolnego DNA nowotworowego oraz komórek nowotworowych krążących swobodnie we krwi jako źródeł materiału do sekwencjonowania całogenomowego najnowszej generacji (NGS) oraz macierzowych badań metylacji DNA.

Metody te stosowała m.in. w badaniach zaburzeń liczby kopii genów w rozmaitych nowotworach, w badaniach rozsiewu raka piersi czy glejaka wielopostaciowego, oceny rokowania w raku jelita grubego oraz wpływu leczenia na genom komórek raka jelita grubego (ewolucja lekooporności). Podczas warsztatów skupi się na badaniach wolnego DNA nowotworowego obecnego w surowicy krwi.

Aleksandra Kołodziejczyk to doktorantka EMBL-European Bioinformatics Institute i Wellcome Trust Sanger Institute, specjalizująca się w badaniach transkryptomów poszczególnych komórek. Mimo młodego wieku i krótkiego stażu jest współautorką kilku publikacji z tej dziedziny, w tym metodycznych, wykładała także na ten temat na konferencjach specjalistycznych. W Warszawie przedstawi dostępne spektrum genomicznych technik badań pojedynczych komórek, korzyści z ich stosowania oraz możliwe aplikacje w onkologii na kanwie własnych doświadczeń w badaniach komórek macierzystych i odpornościowych.

Dr Alexander Garvin od lat specjalizuje się w badaniach aplikacyjnych dotyczących metod analizy polimorfizmów i mutacji DNA. Opracował m.in. test wykrywania skracających mutacji w genach BRCA1 i BRCA2, rozwijał metody detekcji LOH i wybranych mutacji w pojedynczych komórkach (do stosowania w diagnostyce prenatalnej i onkologicznej), doskonalił metodykę analiz genetycznych w medycynie sądowej i kryminalistyce, badał zastosowanie MALDI-TOF do wykrywania mutacji. Obecnie jest szefem naukowym firmy Droplet Diagnostics oraz konsultantem na University of Mulhouse we Francji i w kooperacji z firmą Pacific Biosciences prowadzi badania nad wdrożeniem techniki sekwencjonowania pojedynczych cząsteczek (Single molecule real time, SMRT) do badań nowotworów, co będzie tematem jego wystąpienia.

Warsztaty są organizowane przez zespół prof. dr hab. Rafała Płoskiego z Zakładu Genetyki Medycznej w ramach projektu Bastion. Będą prowadzone w języku angielskim. Aby wziąć udział należy zgłosić swój udział wypełniając formularz. Udział w warsztatach jest bezpłatny. Wydarzenie odbędzie się w Warszawskim Uniwersytecie Medycznym przy ul. Księcia Trojdena 2a (Aula B). Patronat honorowy nad warsztatami objęło Ministerstwo Zdrowia oraz Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Zarejestrowani uczestnicy warsztatów poświęconych wykorzystaniu technik analizy genomu w badaniach nowotworów mają szansę na udział w ćwiczeniach praktycznych. Będą one polegać na udziale w sekwencjonowaniu próbek zgłoszonych przez samych uczestników. Część praktyczna odbędzie się w ciągu tygodnia po głównej części warsztatów.

Do sekwencjonowania zostanie wykorzystana platforma NGS Illumina HiSeq 1500. Organizatorzy bezpłatnie zapewniają przygotowanie odpowiednich bibliotek z przekazanego materiału, sekwencjonowanie biochemiczne oraz analizę danych, w wariantach adekwatnych do przedstawianych problemów badawczych. Ze względu na uwarunkowania finansowe, lokalowe i sprzętowe zostanie przeanalizowana ograniczona liczba próbek (równowartość 32 badań całego eksomu).

Zarejestrowanych uczestników warsztatów organizatorzy proszą o jak najszybsze zgłaszanie własnych propozycji, czyli nadsyłanie krótkiego opisu (do pół strony) proponowanych badań wraz z uzasadnieniem oczekiwań. Uwaga: należy upewnić się, że próbki są lub będą gotowe do badań w podanym terminie. Najciekawsze z propozycji zostaną zrealizowane podczas warsztatów, a zgłaszający je wezmą udział w sekwencjonowaniu. W selekcji próbek organizatorzy kierować się będą:

• zgodnością propozycji z tematyką warsztatów (genomika nowotworów),
• wykonalnością (na podstawie własnego doświadczenia z techniką NGS),
• wartością naukową.

Aby jak najszerzej upowszechniać doświadczenie z NGS, w procedurze selekcji organizatorzy będą ograniczać wybór do maksimum jednego zgłoszenia z każdego ośrodka. Propozycje badań proszę zgłaszać pocztą elektroniczną na adres e-mail: michal.gieraltowski@wum.edu.pl do 24 października 2014 roku (godz. 10.00).