KSeF w praktyce lekarskiej
Krajowy System e-Faktur budzi wśród lekarzy sporo obaw, ale sama technologia nie jest największym problemem. Znacznie większe wyzwania kryją się w szczegółach rozliczeń, specyfice współpracy z NFZ i wyborze odpowiednich narzędzi do fakturowania – podkreśla doradca podatkowy Aneta Lech ze spółki Lexantis w rozmowie z Anną Wojdą.
KSeF, czyli Krajowy System e-Faktur: jest się czego obawiać czy też nie taki diabeł straszny, jak go malują?
Technicznie – nie taki straszny. Więcej wyzwań pojawia się na poziomie merytorycznym. Lekarzy można tu podzielić na trzy grupy. Pierwsza to ci, którzy przyjmują pacjentów w gabinetach – oni będą mieli z fakturami stosunkowo rzadko do czynienia.
Druga grupa to lekarze pracujący na kontraktach w jednej lub kilku placówkach. Oni wystawiają faktury częściej, choć tu pojawia się możliwość samofakturowania, co może znacząco uprościć proces. Trzecia grupa to lekarze fakturujący NFZ – i to oni muszą zwrócić największą uwagę na nowe obowiązki. NFZ stawia bowiem konkretne wymagania, m.in. dotyczące stosowania tzw. podmiotu trzeciego.
W tym kontekście widzę potencjalny problem techniczny. Lekarze korzystają dziś z różnych programów do fakturowania – pytanie, czy będzie to aplikacja ministerialna, czy rozwiązania komercyjne. W przypadku aplikacji podatnika raczej sobie poradzą. Natomiast nie wszystkie programy komercyjne są obecnie przygotowane na obsługę tzw. podmiotu trzeciego (określanego też jako „podmiot inny”).
Czy lekarze będą korzystać z aplikacji, czy raczej z pomocy księgowych?
To pozostaje otwarte. Nawet jeśli będą wspierani przez księgowych, pojawia się pytanie o zakres tej pomocy. W biurach rachunkowych wystawianie faktur za klientów nie jest popularną praktyką. Bardziej prawdopodobne jest, że księgowi będą rekomendować lekarzom samodzielne wystawianie faktur i ich przesyłanie. Lekarz musi więc zdecydować, czy korzysta z aplikacji ministerialnej – która jest stosunkowo prosta – czy z programu komercyjnego.
Warto jednak pamiętać, że aplikacja ministerialna to w praktyce kreator faktur, wymagający wprowadzenia wszystkich danych od podstaw. I tu pojawiają się pierwsze trudności. Już na etapie wyboru rodzaju faktury czy podstawy prawnej zwolnienia wymagana jest wiedza podatkowa. Dlatego pierwszą fakturę warto wystawić z pomocą specjalisty. Pierwsze próby mogą być trudne, ale po stworzeniu własnego schematu czy szablonu kolejne faktury stają się już znacznie prostsze.
Jeśli chodzi o programy komercyjne – zwłaszcza te tańsze lub bezpłatne – często są one bardzo uproszczone i nie uwzględniają wszystkich elementów wymaganych np. przez NFZ. Kluczowe jest więc dobranie odpowiedniego narzędzia i modelu pracy. Problemy mogą pojawić się przy pierwszej, drugiej, maksymalnie trzeciej fakturze – później proces staje się rutynowy.
Jakie elementy musi zawierać faktura dla NFZ?
NFZ wymaga, aby w części podmiotowej faktury znalazły się konkretne dane. Po stronie wystawcy widnieje zawsze placówka medyczna – POZ, SPZOZ lub NZOZ, w zależności od formy działalności. Po stronie nabywcy wskazujemy NFZ wraz z jego NIP-em jako podmiot główny. Dodatkowo trzeba jednak wskazać tzw. podmiot inny (czyli podmiot trzeci). To element mniej intuicyjny – w aplikacji podatnika dodaje się go dopiero na końcu, kiedy wydaje się, że faktura jest już gotowa.
Kto jest tym „podmiotem innym”?
To konkretny oddział NFZ, z którym dana placówka ma podpisaną umowę. Identyfikator przyjmuje formę ciągu znaków: NIP NFZ, myślnik i pięć cyfr oznaczających oddział. To bardzo istotne, bo pozwala właściwie przypisać fakturę w strukturze NFZ. Bez tego faktura może nie zostać prawidłowo przetworzona, co może opóźnić płatność.
NFZ opublikował także szczegółową instrukcję ze specyfikacją wymagań do faktur ustrukturyzowanych FA(2) i FA(3) – jest zamieszczona na stronie internetowej NFZ, a placówki posiadające kontrakty zwykle otrzymały również bezpośrednie wytyczne. Warto podkreślić: poprawnie wystawiona faktura ma bezpośredni wpływ na tempo otrzymania wynagrodzenia. Dodatkowo w treści faktury należy podać numer umowy z NFZ, co usprawnia jej przetwarzanie.
A jak wygląda sytuacja indywidualnych gabinetów?
To zależy od struktury klientów. W wielu gabinetach dominują osoby fizyczne, którym nie wystawia się faktur – sprzedaż dokumentowana jest paragonami. Do końca 2026 r. sprzedaż rejestrowana na kasie fiskalnej pozostaje poza KSeF. Od 2027 r. to zwolnienie zniknie, ale nadal obowiązywać będzie zasada, że faktury dla osób fizycznych (B2C) nie muszą trafiać do KSeF.
Czy to oznacza, że takie gabinety w ogóle nie będą korzystać z KSeF?
Nie do końca. Będą pobierać z systemu swoje faktury kosztowe – i to dotyczy wszystkich przedsiębiorców. Każdy gabinet ponosi koszty: telefon, prąd, najem, leasing, sprzęt czy środki czystości. Od 1 lutego 2026 r. takie faktury muszą być pobierane z KSeF. Może się to odbywać z pomocą księgowości. Biuro rachunkowe udostępnia lekarzowi specjalny portal, gdzie może samodzielnie pobierać faktury. Są też biura, które proszą o upoważnienie, i wtedy faktury pobierają same. W obu przypadkach konieczna będzie akceptacja faktur przez lekarza.
A lekarze współpracujący ze szpitalami?
To jest ta trzecia grupa, która ma umowy cywilnoprawne podpisane z placówkami medycznymi, czy to będą szpitale, czy inne placówki służby zdrowia. W tym przypadku kluczowe są ustalenia z placówką. Coraz częściej stosowane jest samofakturowanie – lekarz udziela upoważnienia, a faktury wystawia szpital. Lekarz musi zalogować się do KSeF, bo tego nie da się uniknąć, następnie udziela placówce medycznej specjalnego uprawnienia do samofakturowania w imieniu i na jego rzecz i placówka sama wystawia faktury. To wygodne rozwiązanie, ale obecnie niewiele systemów je obsługuje.
Dlaczego?
Dostawcy oprogramowania mieli mało czasu. Środowisko API KSeF było dopracowywane niemal do końca roku, co utrudniło wdrożenia. W efekcie skupiono się na najważniejszych funkcjach – a samofakturowanie do nich nie należało. Wracając do wystawiania faktur przez lekarzy dla szpitali, warto pamiętać, że szpitale często wymagają stosowania podmiotu trzeciego, co wynika z ich struktury organizacyjnej – często są to placówki samorządowe. Właściwe oznaczenie odbiorcy – numer NIP i identyfikator wewnętrzny bądź nawet NIP tej innej placówki – ma kluczowe znaczenie dla poprawności faktury.
Na koniec: wynajem lokali przez lekarzy. Na co zwrócić uwagę?
Jeśli lokal mieszkalny wynajmowany jest na cele mieszkaniowe osobie fizycznej – nie ma obowiązku wystawiania faktur, nawet na żądanie. Wyjaśniło to Ministerstwo Finansów. W zakresie KSeF czy VAT nic się więc tu nie dzieje. Inaczej wygląda sytuacja, gdy lokal wykorzystywany jest na działalność gospodarczą, np. jest wynajmowany dla firmy na gabinet. Zresztą to częsta sytuacja, że lekarze, mając lokale, podnajmują je innym lekarzom. Wówczas może pojawić się obowiązek VAT (po przekroczeniu limitu 240 tys. zł rocznie), a także konieczność wystawiania faktur – również w KSeF. Jeśli nabywca żąda faktury – a często żąda, bo chce mieć dokument kosztowy – to trzeba ją wystawić.
Jeszcze bardziej złożona jest sytuacja wynajmu apartamentów np. w górach czy nad morzem w celach inwestycyjnych, np. przez platformy rezerwacyjne Booking czy Airbnb. W końcu trudno sobie wyobrazić, że, pracując zawodowo, lekarz ma czas zajmować się obsługą takiego wynajmu. A jest on, co potwierdza Ministerstwo Finansów, traktowany jak działalność gospodarcza, co oznacza dodatkowe obowiązki podatkowe, w tym konieczność płacenia od przychodów składki zdrowotnej.
Chyba że właściciel apartamentu zawiera umowę z podmiotem zawodowo zajmującym się zarządzaniem i wynajmem i temu podmiotowi wynajmuje lokal, wtedy nadal mamy do czynienia z najmem prywatnym, a nie działalnością gospodarczą. Jednak najem ten nie jest zwolniony z VAT i tu znów trzeba pilnować limitu 240 tys. zł, żeby nie płacić VAT.
Jednak w takim wypadku lekarz będzie już musiał wystawić fakturę podmiotowi zawodowo zajmującemu się wynajmem za pośrednictwem KSeF. To obszar wymagający indywidualnej analizy – w zależności od modelu rozliczeń i stron transakcji. I oczywiście w tym przypadku tych obowiązków podatkowo-fakturowo-księgowych jest znacznie więcej.
Źródło: „Gazeta Lekarska” nr 4/2026
